I have a Harmony 659 remote and I had a heck of a time trying to
configure it with their website.  I have my mythbox hooked up
directly to my tv, no receiver, no amp/preamp.  What I have found
is that with MythTV everything is already presented as a single
interface.  The only things you could do with the harmony are
setup jumppoints and have it go mythVideo when watch a movie is
pressed, etc...  What I ended up doing was picking a remote that
was on the same frequency as my Hauppauge receiver (PVR-350), setup
lirc to control myth, and then put the functions on the remote. 
Aside from the jumppoints and the ability to program macros, I really
don't think the remote is designed to work with an all-in-one system.<br>
Nathan<br>